Недавно столкнулся с тем, что в скайп для Linux просто не видит групповых чатов, так как они работают по другому протоколу.  Благо решение нашлось довольно быстро - нужно переключить протокол уведомлений на версию 24:

Открываем окно чата(любого) и вводим комманду:

/msnp24

Перезагружаем скайп. После этого групповые чаты должны заработать.